新京报讯(记者周怀宗)如今,机器学习算法正应用在越来越多的领域。记者近日从中国农科院获悉,该院科研人员通过机器学习算法,构建了基于紫花苜蓿秋眠性状基因组的最佳预测模型,准确预测了紫花苜蓿的秋眠性,为利用基因组预测方法开展紫花苜蓿分子育种提供了重要参考,相关研究成果发表在《园艺研究(Horticulture Research)》上。
紫花苜蓿。中国农科院供图
该研究由中国农业科学院北京畜牧兽医研究所饲草育种与栽培科技创新团队完成。团队科研人员介绍,紫花苜蓿被誉为“牧草之王”,是草食动物的重要蛋白牧草。秋眠性是影响紫花苜蓿秋季再生性和产量的重要性状,对紫花苜蓿育种具有重要价值。
为准确预测紫花苜蓿的秋眠性,科研人员探索了机器学习算法应用的可行性,研究以全基因组关联分析鉴定到的分子标记为依据,利用候选SNP位点进行秋眠性表型预测,同时结合机器学习算法获得类似于基于表型选择的预测准确率。
在研究中,科研人员对5种预测模型进行了分析比较和交叉验证,发现SVM linear预测模型具有高准确率和最佳回归系数。进一步利用单株个体秋眠性表型预测品种内平均表型,结合单株个体秋眠性GWAS关联SNP标记和SVM linear模型进行平均表型预测,结果表明预测准确率可达64.1%。
该研究得到国家自然科学基金、国家牧草产业技术体系、内蒙古科技重大专项和国家公派留学等项目的资助。
编辑 张树婧
校对 刘军